日期

授課時間

講題

授課老師

7/21（一）

09:00~12:00

1. Introduction to Bioinformatics and Computer Aided Drug Design (CADD)

2. Protein Data Bank (PDB)

- 作業:
homework: download

呂平江博士/鄭兆勝博士
清大生資所

14:00~17:00

Protein Structure Visualization :
Rasmol & Chime--

- 相關下載:
1. RasMol 之使用說明。所用的蛋白質結構: 1d66 。
2. Colour Schemes of RasMol Manual from rasmol.org
3. Chime 網頁展示: 連結生物資訊作業網頁。
4. 介紹 Chime (ppt)
5. MDL Chime SP6
6. Chime 之使用說明。
7. Chime RasMol Tutorial。

- 作業:
製作一個Chime網頁, 包含結構視窗與動作按鈕, 並在個人首頁加上連結。參考...

1. chime 的網頁模板
2. chime page demo 所用的蛋白質結構 1udu。

呂平江博士/ 劉益忠博士
清大生資所

7/22（二）

09:00~12:00

Protein Analysis Tools and Prediction

- 相關連結:
1. ExPASy Proteomics Server

- 作業:
homework: download

呂平江博士/ 鄭兆勝博士
清大生資所

13:00~15:00

Protein Structure Modeling

- 相關連結:
1. SWISS-MODEL

呂平江博士
清大生資所

15:00~17:00

Molecular Docking

- 作業:
homework: download

呂平江博士/ 鄭兆勝博士
清大生資所

7/23（三）

09:00~12:00

Automated docking tool - Autodock

- 相關連結:
1. Using AutoDock 4 with ADT (Instructions) [PDF file, 880K]
2. Presentation: Using AutoDock 4 with ADT (Handouts)
3. Input files and results files for AutoDock 4 tutorial [tutorial4.tar.gz, 5.5 MB]

呂平江博士/ 清大生資所
黃柏榕先生 長庚生資中心

14:00~17:00

Modeling and simulation package for drug discovery -Discovery Studio

- 相關連結:
1. Tutorial
2. Online SMILES Translator and Structure File Generator

- 作業:
homework: 依課堂指定

7/24（四）

09:00~12:00

3D- Quantitative Structure-Activity Relationships (3D-QSAR)

- 相關連結:
1. The Tripos Bookshelf v. 8.0
2. Chemical Database & Applications from NCHC ; Here is tutorial
3. Download Vnc Viewer
4. SYBYL line notation or SLN (Source: Wikipedia)
5. Line notation 舉例

呂平江博士/ 劉益忠博士
清大生資所

13:00~17:00

Pharmacophore-based Drug Design

- Data download:
1. Molecules: ctss
2. Activity of Compds: IC50 data

7/25（五）

09:00~12:00

Introduction to Molecular dynamics

- Data download:
1. file1: cpeptide_b4em.gro
2. file2: cpeptide_pr.trr

- 作業:
homework: download

呂平江博士/ 鄭兆勝博士
清大生資所

14:00~17:00

Exercise time

呂平江博士
清大生資所