Structrual Bioinformatics and Drug Design Course

08/28/2008 Update

Homework List

LS07 生物資訊藥物設計

#	Homework	Content	Download	Due
1	2007.07.30 Introduction to Drug Development	請描述藥物 Lipitor, Zocor, Crestor: 包括作用機制市場分析 Indication Side effect 公司檔案名稱: LS07_01_學生姓名.doc	.	2007.08.10 18:00
2	2007.08.02 Protein structure modeling	Protein structure modeling modeling.doc 檔案名稱: LS07_02_學生姓名.doc	.	2007.08.10 18:00
3	2007.08.14 期末考 10:00- 12:00	期末考範圍為本次上課講義內容, 請大家好好準備, 按時赴考, 考試地點為: 生科二館 R107	.	2007.08.14

LS07 作業繳交方式:

1. LS07 生物資訊藥物設計的作業請以Word 檔格式繳交。

2. 統一作業檔案名稱, 檔名為: LS07_第幾個作業_學生姓名.doc , 以第一個作業為例: 檔名為: LS07_01_劉資訊.doc ( 請記得要把檔案名稱"劉資訊"改為你自己的名字)。

3. 請以 E-mail 繳交, 郵件名稱同 word 的檔案名稱 (LS07_第幾個作業_學生姓名.doc)

LS08 生物資訊藥物設計實習作業

#	Homework	Content	Download	Due
1	2007.07.30 Construct your homepage & Chime page	請完成個人首頁的基本內容及上傳, 首頁連結為 http://alpha.life.nthu.edu.tw/~96sXX/ ps. XX 代表數字 01~ 17 製作一個Chime網頁, 包含結構視窗與動作按鈕, 其中動作按鈕至少需作10個, 請將Chime網頁完成後上傳, 並在個人首頁加上連結	banner 原圖參考 data.rar 1UDU	2007.08.03 18:00 (Chime網頁)
2	2007.07.31 Modeling and Docking	Please search Protein Data Bank and find out the complex structure of HIV protease with a drug. Please use Molegro to dock HIV protease with its drug. Write down your docking procedure (with picture), construct this web page and upload to your web site.	.	2007.08.10 18:00 (Docking網頁)
3	2007.08.02 Autodock	試以Ligand (tco.pdb) & Protein (CathepsinK.pdb) 進行docking, 並將最好的結果與原始的complex做比較, 而且在網頁上同時展示此結果與原始complex。 Docking 程式不限用Autodock。	Protein: CathepsinK.pdb Ligand: tco.pdb 原始complex: Cathepsin K complexed with TCO: 1Q6K.pdb	2007.08.10 18:00 (Autodock網頁)
2	2007.08.03 Protein Analysis Software	Protein Analysis Software homework_0803.doc	.	2007.08.15 18:00 (網頁)

LS08 生物資訊藥物設計實習- 個人網頁連結:

01	02	03	04	05	06	07
08	09	10	11	12	13	14
15	16	17	.	.	.	.

LS08 作業方式:

1. LS08 作業請以網頁介面呈現, 以課程內容為主, 基本架構為: 主頁面 + 各homework內容頁

2. 網頁內容請勿涉及侵權, 除非經過授權, 請勿在網頁上放置有版權之圖片或是軟體, 以免觸法。

3. 作業繳交期限為2007年8月XX日, 18:00, 屆時關閉上傳權限, 依當時網頁作業內容為準, 不接受任何形式的作業補交。

LS08 參考資料:

1. 請特別注意: "網頁內容請勿涉及侵權, 除非經過授權, 請勿在網頁上放置有版權之圖片或是軟體, 以免觸法。"

2. 生資網頁實作:

#	主題	內容
1	如何建立個人網頁	完成個人首頁的基本內容及上傳, 首頁連結為 http://alpha.life.nthu.edu.tw/~96sXX/ ps. XX 代表數字 01~ 17 相關下載: 1. DreamWeaver MX 中文試用版 2. Adobe Dreamweaver CS3 試用版
2	網頁影像處理	利用 PhotoImpact 軟體進行影像處理, 美化網頁相關下載: 1. Ulead PhotoImpact 試用版下載 2. banner 原圖參考
3	蛋白質結構展示: Chime	製作一個Chime網頁, 包含結構視窗與動作按鈕, 並在個人首頁加上連結相關下載: data.rar 1. MDL Chime SP6 2. 蛋白質結構: 1UDU

3. 網頁上傳的方式有很多種, 下列提供幾種常用的方式:

(1) 直接使用檔案總管開啟FTP的方式。

A. 開啟檔案總管, 在網址列輸入: ftp://96sXX@alpha.life.nthu.edu.tw/ (XX = 01~17)

B. 出現登入對話視窗, 輸入密碼:

C. 按下"登入"鍵, 即可開啟你的帳號資料夾, 如下:

D. 在空白處按下滑鼠右鍵, 選擇>開新檔案>資料夾

E. 命名新資料夾為 "www"

F. 開啟資料夾 "www", 可用複製 & 貼上的方式將完成的網頁內容貼上

G. 開啟網頁瀏覽器, 網址為"http://alpha.life.nthu.edu.tw/~96sXX/" 即可瀏覽你的網頁。

(2) 使用FTP連線軟體:

A. FFFTP, FFFTP的使用說明:Tutorial

B. 其它軟體參考: CuteFTP

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